Göbələklər ekosistemin sağlamlığının qorunmasında, biomüxtəlifliyin davamlılığında və iqlim dəyişikliyi ilə mübarizədə mühüm rol oynayırlar:
Göbələklər üzvi maddələri parçalayaraq azot, fosfor və digər faydalı elementləri bitkilər üçün əlçatan formaya çevirir. Bu proses bitkilərin daha sağlam inkişaf etməsinə şərait yaradır.
Karbonun torpaqda saxlanılması istixana qazlarının azalmasına və qlobal istiləşmənin qarşısının alınmasına kömək edir.
Bəzi göbələk növləri neft, plastik və digər çirkləndirici maddələri parçalama qabiliyyətinə malikdir. Bu xüsusiyyət ekoloji bərpa proseslərində mühüm əhəmiyyət daşıyır.
Göbələklərin mitselisi plastik və sintetik materiallara alternativ ekoloji məhsulların hazırlanmasında istifadə edilir.
Göbələklər bir çox canlı növü ilə qarşılıqlı əlaqədə yaşayaraq təbiətdə ekoloji tarazlığın saxlanmasına kömək edir.
Deqradasiyaya uğramış torpaqların məhsuldarlığının və canlılığının bərpasında mühüm funksiyaya malikdir. Torpağın strukturunu yaxşılaşdırır, suyun saxlanmasına kömək edir və eroziyanın qarşısını alır.
Yeyilə bilən göbələklər kənd təsərrüfatı tullantıları üzərində yetişdirilə bilər ki, bu da həm tullantıların azalmasına, həm də əlavə qida mənbəyinin yaranmasına şərait yaradır.
Bəzi göbələk növləri immun sistemini gücləndirməyə və müxtəlif xəstəliklərin qarşısının alınmasına dəstək ola bilən faydalı xüsusiyyətlərə sahibdir.